1、有利於降低人員和物資的流通成本兩岸貨運，提高經濟和社小三通會效益，進而促進經貿往來與經濟發展；
2、兩岸“三通”的實現，有利於加強兩岸合作，共同應對國際金融危機；
3、有利於發揮台灣和大陸經濟互補的優勢，促進雙方的物流公司共同發展。
海峽兩岸三通平均使大陸與台灣的距離縮短1200公裡左右。縮小了中華文化圈的直徑。是有利於華人的好事情。有利於增強華人的生存能力。
兩岸本來希望透過小三通作試點，令兩岸全面三通能夠恢復過來。可是，基於自台灣李登輝時代後期的戒急用忍政策轉向，和繼任的陳水扁政府對中國大陸的態度，導致大陸海協會和台灣海基會的磋商陷於癱瘓，使得小三通未能引發全面三通。而小三通初期的相關配套措施，也因太匆促而不夠完善，導致使用者對小三通怨聲載道。而政府限制只有特定人士大陸貨運才能循小三通往返兩岸。
不過，小三通的確能夠加強福建和台灣之間的民間交流，可說是為日後的台商包機開設先例。從2001年開航以來，因為小三通貨運節省旅費旅程，逐漸成為台商往返兩岸的捷徑。2001年的旅客數只有2萬人次，成長到2005年的50萬人次。
小三通航線累計客運量達600萬人次
福建省省長黃小晶28日參加第六屆泛珠三角區域合作與發展論壇時說，“小三通”海上航線累計客運量已達600萬人次，成為往來兩岸最便捷的通道。
另外，小三通對於金門馬祖的幫助最大的維持金馬到台灣本島的班機密度及參觀金馬的中國大陸觀光客，其他方面的經濟助益其實非常小，因為經由小三通往返兩岸者大多只是把金馬當成中繼兩岸物流站，並沒有在當地消費。小三通對台灣經濟也無正面影響，因為小三通無法讓台灣獲得經由台灣轉機至中國大陸的航運市場，也不是貨運直航(空運)的替代方案──這些都是對台灣有利的三通項目。
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